W jeziorach głębokich (rys. 12 B), poza mniej lub bardziej rozbudowanym litoralem, występują dwie dalsze strefy z odrębnymi zespołami zasiedlających je ryb: strefa denna, stanowiąca żerowisko gatunków, które karmią się organizmami żyjącymi w mule (leszcz, węgorz, sieja) i leżąca nad nią strefa pełnej wody z gatunkami planktonożernymi (sielawa, stynka, ukleja). Zależnie od układu czynników hydrograficznych i limnologicznych jeziora te dzieli się na szereg zróżnicowanych typów rybackich, określanych na podstawie środowiskowej przydatności dla cenniejszych gatunków jako leszczowe, sielawowe, sandaczowe, karasiowe i inne. Ponieważ we wszystkich typach miejsce dla szczupaków wyznaczone jest głównie zasięgiem litoralu, liczebność ich wiąże się z rzeźbą dna i rozwojem linii brzegowej. Nawet bardzo głębokie zbiorniki mogą mieć szeroką strefę przybrzeżną, obszerne zatoki, wyspy i śród jeziorne wzniesienia. Jeśli natomiast ukształtowanie misy jeziornej ścieśnia litoral do wąskiego pasa nadbrzeżnego, szczupak będzie stanowił znikomą część rybostanu.
Charakterystyka środowiska nie byłaby pełna, gdyby nie uwzględniono pewnych, uzależnionych od sezonu i wieku, przemieszczeń szczupaków w obrębie zbiornika. Sezonowe zmiany miejsc bytowania związane są z rozrodem i poszukiwaniem pokarmu. Wczesną wiosną dojrzałe płciowo osobniki gromadzą się masowo w rejonie tarlisk usytuowanych ma płyciznach i zalewiskach przybrzeżnych, tam też pozostaje młodzież do zakończenia rozwoju larwalnego. Rozmieszczenie w pozostałych porach roku trudno określić generalną regułą. Decyduje o nim swoisty dla każdego zbiornika zespół czynników, które wpływają na zachowanie się ryb stanowiących pokarm. Późna Wiosna i wczesne lato — to zazwyczaj okres żerowania w granicach strefy przybrzeżnej. W czasie dotkliwych upałów schodzą — zwłaszcza większe okazy — do chłodniejszych wód sublitoralu, by jesienią powrócić w rejon roślin wynurzonych. Zimą, pod lodem, można obserwować szczupaki pozostające w pobliżu brzegu, większość jednak podąża wtedy za rybami gromadzącymi się głębiej na zimowiskach.
Mimo okresowo przedsiębranych wędrówek należy szczupak do ryb niechętnie zmieniających miejsce pobytu. Dowodzą tego eksperymenty ze znakowaniem. Hessle (1934), poznakowawszy w Szwecji 200 szczupaków, otrzymał zwroty z odległością nie większej niż 3 km (większość 1 km) od miejsca wypuszczenia. Tylko jeden osobnik przebył odcinek 13 km.
